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El 2 de agosto de 2003, Lexa Doig se casó con el actor y futuro compañero en Stargate SG-1, Michael Shanks. La pareja tuvo su primer hijo el 13 de septiembre de 2004, una niña llamada Mia Tabitha y el segundo, Samuel David, el 19 de marzo de 2006. La familia divide su tiempo entre Toronto, donde reside la familia de Lexa y Vancouver, donde reside la familia de Michael Shanks y donde ambos trabajan.